Home Mundo Un pequeño número de introducciones tempranas sembró la transmisión generalizada del SARS-CoV-2 en Québec, Canadá

Un pequeño número de introducciones tempranas sembró la transmisión generalizada del SARS-CoV-2 en Québec, Canadá

by notiulti

Fondo:

Québec fue la provincia canadiense más afectada por COVID-19, con 401,462 casos al 24 de septiembre de 2021 y 11,347 muertes debido principalmente a una primera ola pandémica muy severa. En abril de 2020, reunimos el consorcio Coronavirus Sequencing in Québec (CoVSeQ) para secuenciar los genomas del SARS-CoV-2 en Québec para rastrear los eventos de introducción viral y la transmisión dentro de la provincia.

Métodos:

Utilizando epidemiología genómica, investigamos la llegada del SARS-CoV-2 a Québec. Reportamos 2921 genomas de SARS-CoV-2 de alta calidad en el contexto de> 12,000 genomas disponibles públicamente muestreados a nivel mundial durante la primera ola pandémica (hasta el 1 de junio de 2020). Al combinar análisis filogenéticos y filodinámicos con datos epidemiológicos, cuantificamos el número de eventos de introducción en Québec, identificamos sus orígenes y caracterizamos la propagación espacio-temporal del virus.

Resultados:

De manera conservadora, estimamos aproximadamente 600 eventos de introducción independientes, la mayoría de los cuales ocurrieron desde las vacaciones de primavera hasta 2 semanas después del cierre de la frontera canadiense para viajes no esenciales. Las repatriaciones masivas posteriores no generaron grandes linajes de transmisión (> 50 casos secuenciados), probablemente debido a las medidas de cuarentena obligatorias vigentes en ese momento. De acuerdo con los destinos comunes de las vacaciones de primavera y los “pájaros de la nieve”, se infirió que la mayoría de las introducciones se originaron en Europa a través de las Américas. Una vez introducidos en Québec, los tamaños de los linajes virales se dispersaron en exceso, y algunos linajes dieron lugar a la mayoría de las infecciones. De acuerdo con los efectos fundadores, los primeros linajes en llegar tendieron a extenderse con mayor éxito. Llegaron menos de 100 introducciones virales durante las vacaciones de primavera, de las cuales 7-12 llevaron a los linajes de transmisión más grandes de la primera ola (que representan el 52-75% de todas las infecciones secuenciadas). Estos exitosos linajes de transmisión se dispersaron ampliamente por toda la provincia. El tamaño del linaje de transmisión se redujo considerablemente después del 11 de marzo, cuando se promulgó una orden de cuarentena para los viajeros que regresaban. Si bien esto sugiere la efectividad de las primeras medidas de salud pública, los linajes de transmisión más grandes ya se habían encendido antes de esta orden.

Conclusiones:

Combinados, nuestros resultados refuerzan cómo, en ausencia de estrictas restricciones de viaje o medidas de cuarentena, menos de 100 introducciones virales en una semana pueden garantizar el establecimiento de cadenas de transmisión extendidas.

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