Home Salud ‘Solo cosas estúpidas’: la logística y la falta de pruebas obstaculizaron la búsqueda de la variante Omicron en los EE. UU.

‘Solo cosas estúpidas’: la logística y la falta de pruebas obstaculizaron la búsqueda de la variante Omicron en los EE. UU.

by notiulti

Aespués de científicos sudafricanos alertó al mundo la semana pasada a la nueva variante Omicron del SARS-CoV-2, los investigadores aquí en los EE. UU. advirtieron que la cepa altamente mutada probablemente ya estaba circulando en suelo estadounidense. Era solo cuestión de tiempo antes de que alguien lo encontrara.

El jueves, los funcionarios de salud informaron sobre la segunda infección por Omicron del país, en un hombre de Minnesota que asistió a una conferencia de anime en Nueva York días antes de que comenzaran los síntomas. En particular, no había viajado internacionalmente, a diferencia de el primer caso – un residente de California que regresó recientemente de Sudáfrica – indicando la ocurrencia de transmisión doméstica. Pero el momento del descubrimiento hace que muchos se pregunten, “¿por qué tomó tanto tiempo?”

Según los detalles compartidos por el Departamento de Salud de Minnesota, el hombre, que reside en el condado de Hennepin, hogar de la ciudad más poblada del estado, Minneapolis, presentó los primeros síntomas el 22 de noviembre. Se sometió a una prueba de PCR el 24 de noviembre. La noticia de Omicron se conoció el 25 de noviembre. Los funcionarios de salud de Minnesota no confirmaron a partir de los datos de secuenciación que su infección fue causada por la variante de Omicron hasta una semana después, la noche del 1 de diciembre.

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Por el contrario, las agencias de salud pública en el Reino Unido encontraron los primeros casos de la nueva cepa en ese país menos de 48 horas después de que Sudáfrica diera la alarma.

“A pesar de que hemos aumentado la secuenciación en los últimos meses, todavía tenemos un problema de muestreo”, dijo Eric Topol, fundador y director de Scripps Research Translational Institute en La Jolla, California, que es parte de un SARS-CoV-2 consorcio de vigilancia organizado por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades el año pasado. EE. UU. Solo realiza pruebas a una tasa de una cuarta parte de lo que es el Reino Unido, y no existe un enfoque sistemático para evaluar a los viajeros y a las personas con infecciones irruptivas. Por lo tanto, es menos probable que algo nuevo y aterrador llegue a un hisopo, y mucho menos a un secuenciador.

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Y eso pone a Estados Unidos en una gran desventaja, dijo Topol. “Todo se remonta al mismo tema desde el comienzo de esta pandemia”, dijo. “No tenemos unidad en este país, tenemos un balcanizado, bueno, todo”.

Las vacaciones de Acción de Gracias probablemente contribuyeron a la desaceleración. Pero esa no es toda la historia. Si bien los EE. UU. Han aumentado considerablemente sus esfuerzos generales de secuenciación del SARS-CoV-2 durante el año pasado, el progreso ha sido desigual. Los centros urbanos cercanos a los grandes centros académicos tienden a estar bien cubiertos, mientras que las áreas rurales lo están menos. Eso significa que los departamentos de salud pública en gran parte del país todavía están volando a ciegas, incluso mientras están descubriendo formas de priorizar las muestras sospechosas de Omicron.

“La gente está tratando de hacer un esfuerzo concertado para clasificar lo mejor que puede, pero no hicimos lo suficiente como nación para aumentar la capacidad de secuenciación desde el inicio de la pandemia, y ahora aquí estamos, y es un problema nuevamente”, dijo Lane Warmbrod, del Johns Hopkins Center for Health and Security, quien fue coautor un informe a principios de este año, describiendo cómo debería ser un programa nacional de vigilancia eficaz.

Incluso cuando un paciente vive en una ciudad importante como el caso de Minnesota, los desafíos logísticos pueden ralentizar el proceso. En ese estado, normalmente se necesitan de cuatro a siete días para que las muestras positivas se empaqueten y envíen a una instalación que pueda realizar la secuenciación, dijo a STAT Doug Schultz, portavoz del Departamento de Salud de Minnesota. La secuenciación lleva de cuatro a cinco días más. Con todos los cambios de prueba, eso significa que los genomas que salen del secuenciador generalmente son de muestras recolectadas de 10 a 14 días antes.

“Hemos incorporado toda la velocidad posible al proceso”, dijo Schultz. “Solo se necesita una cierta cantidad de tiempo para recolectar muestras, empaquetarlas y transportarlas horneadas”.

Minnesota no está solo. La naturaleza fracturada de la atención médica en los EE. UU. Significa que cuando a alguien se le hace un hisopo para detectar el SARS-CoV-2 en un hospital o clínica, la mayoría de esas muestras van a uno de los grandes proveedores de pruebas privados como LabCorp y Quest. Luego, un subconjunto de esas muestras se reservará para enviar a los laboratorios de salud pública del condado o del estado, que realizan su propia secuenciación o envían las muestras a laboratorios académicos u otros socios de la industria para decodificar los genomas de los virus en su interior.

“En un mundo perfecto, tendríamos un sistema de salud mucho más sólido que estaría más integrado con nuestras agencias de salud pública, por lo que podríamos realizar pruebas y secuenciar dentro de la misma red”, dijo Warmbrod.

Todo ese llenado de formularios y el transporte pueden llevar días o semanas. La secuenciación en sí puede ser tan rápida como un tiempo de respuesta de 24 a 48 horas. Es la logística de mover muestras lo que es el verdadero cuello de botella.

“Es algo realmente estúpido”, dijo Amy Mathers, directora asociada de microbiología clínica de la Universidad de Virginia Health, cuyo equipo de laboratorio secuencia las muestras positivas de coronavirus para el estado de Virginia. Actualmente, reciben hasta 300 muestras por semana, entregadas en envíos una o dos veces por semana por mensajería desde el laboratorio estatal de salud pública en Richmond. Y si el departamento de salud pública señala algunas muestras que son sospechosas debido al historial de viajes o a los datos de rastreo de contactos, las colocarán al principio de la fila.

“Estamos más integrados al sistema de salud que nunca antes de la pandemia”, dijo Mathers. Pero los datos que obtienen del secuenciador no reflejan infecciones en tiempo real. Por lo general, muestra lo que estaba circulando en el estado de 10 a 14 días antes. Ahora mismo están ejecutando muestras de mediados de noviembre.

“Intentamos y seguimos presionando por un sistema en el que la gente pueda enviarnos muestras positivas directamente”, dijo Mathers. “Pero el problema fue que fue difícil encontrar una manera de registrarlos en el sistema de salud pública. Los formularios eran demasiado confusos para los hospitales “.

Su equipo aún no ha encontrado ningún caso de la variante Omicron, ya sea en su base de datos de secuencias o en nuevas muestras, incluidas las tomadas de viajeros y apresuradas al frente de la fila. Mathers dijo que su laboratorio está secuenciando todas las muestras que dan positivo en su área.

Durante la oleada de verano del Delta, la acumulación se remontó aún más. Y al final, toda esa secuenciación no fue tan útil, dijo. En el mes de septiembre, su equipo secuenció más de 1000 muestras. Cada uno de ellos era la variante Delta. Pero ahora, es más importante que nunca secuenciar hasta el último vial de virus en el estado. “A medida que surgen estas nuevas variantes, tenemos que hacer un muestreo intensivo para capturar el Omicron que está al acecho”, dijo. “Entonces sé que si alguien viene a Charlottesville con Omicron, lo encontraremos. Pero no es lo mismo en todas partes “.

En una conferencia de prensa el martes, la directora de los CDC, Rochelle Walensky, dijo que Estados Unidos está secuenciando actualmente alrededor de 80.000 muestras por semana, entre laboratorios de salud pública, académicos y privados. Pero no está claro qué porcentaje de ellos representan ventanas en tiempo real hacia la propagación del virus.

Esa no es información que esté disponible fácilmente, dijo Kelly Wroblewski, directora de enfermedades infecciosas de la Asociación de Laboratorios de Salud Pública, a STAT por correo electrónico. Y no parece haber un impulso urgente y coordinado de todos los jugadores para acelerar las cosas, dijo. “Tener la secuenciación distribuida a todos los estados y muchas jurisdicciones locales es útil de esta manera, ya que acerca la secuenciación a los pacientes”, escribió.

Hasta que esté disponible una secuenciación geográfica más amplia, hay otro paso que los científicos pueden dar ahora. Debido a la constelación única de mutaciones de Omicron, deja un patrón revelador con algunos tipos de pruebas de PCR. Estos ensayos buscan fragmentos del genoma del virus, incluido el gen S, que codifica su proteína de pico. En algunos ensayos, el fragmento del gen S de Omicron no aparece, un fenómeno llamado “abandono del gen S”. Si los científicos ven eso, es una señal de que el virus probablemente no es la variante Delta extendida, y podría ser Omicron. Y de hecho, así es como los funcionarios de California y Minnesota encontraron sus infecciones.

En el caso del individuo de California, después de que dio positivo en un lugar de prueba de la ciudad (usando una prueba de PCR que no detectó la deserción del gen S), su historial de viajes impulsó a los funcionarios a enviar la muestra al laboratorio de Charles Chiu. un investigador de la Universidad de California en San Francisco, donde su equipo realizó una prueba en busca de la deserción del gen S. En unas pocas horas, vieron la señal, por lo que expresaron la muestra a un secuenciador de genes portátil, que funciona más rápido que los grandes que se utilizan normalmente para la secuenciación masiva. Les dio la confirmación más tarde esa misma noche.

Cuando se enteraron de la variante Omicron, los funcionarios de Minnesota se comunicaron con uno de sus socios de laboratorio clínico en Nueva Jersey, cuyo ensayo estándar ya busca el abandono del gen S. Encontraron un puñado de muestras con el patrón sospechoso, que enviaron de regreso a Minnesota para su secuenciación. Las muestras llegaron el martes y el equipo del estado tardó menos de 48 horas en completar el análisis genómico y descubrir que una de ellas era la nueva variante.

El jueves por la noche, los funcionarios en Colorado confirmaron un caso adicional de Omicron en una persona que regresó recientemente de Sudáfrica, y en Nueva York, los funcionarios confirmaron cinco casos, probablemente causados ​​por transmisión local. Los científicos esperan que se identifiquen más en los próximos días y semanas. “Llegamos tarde a la fiesta de Omicron, pero empezarán a aparecer rápido”, dijo Topol. Pero sin mejoras, estos descubrimientos proporcionarán una imagen de la propagación de la variante en el pasado, y aún incompleta, no donde está hoy.

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